Pondok pesantren adalah lembaga pendidikan Islam yang telah menyempurnakan metode pengajaran kitab kuning untuk membangun pemahaman mendalam pada santrinya. Sistem ini tidak hanya bertujuan mentransfer pengetahuan, tetapi juga membentuk nalar kritis dan kedalaman spiritual. Pada Selasa, 25 November 2025, dalam sebuah simposium pendidikan agama di Aula Multazam, Surabaya, Dr. K.H. Faizuddin Harun, seorang ahli tafsir Al-Qur’an dan pengasuh pesantren, menegaskan, “Efektivitas metode pengajaran kitab kuning terletak pada kemampuannya membimbing santri meresapi makna, bukan sekadar menghafal teks.” Pernyataan ini didukung oleh hasil penelitian Lembaga Kajian Islam dan Peradaban yang pada Oktober 2025, menunjukkan peningkatan signifikan dalam kemampuan analitis santri setelah mengikuti pengajian kitab kuning.
Inti dari metode pengajaran ini terletak pada kombinasi unik antara sistem sorogan dan bandongan. Dalam sorogan, santri secara individu membaca bagian dari kitab kuning di hadapan kyai atau ustadz. Kyai akan menyimak, mengoreksi bacaan, menjelaskan makna yang samar, dan menjawab pertanyaan santri secara langsung. Interaksi personal ini memungkinkan bimbingan yang sangat spesifik, disesuaikan dengan tingkat pemahaman masing-masing santri. Sebaliknya, bandongan (sering juga disebut wetonan) adalah pengajian massal di mana kyai membacakan dan menerjemahkan kitab kepada sekelompok besar santri. Santri menyimak dan membuat catatan (makna gandul) di pinggir kitab mereka. Metode ini melatih daya konsentrasi dan kemampuan menangkap inti sari pelajaran dalam skala luas. Pada pukul 09.00 WIB di hari simposium tersebut, Dr. Faizuddin secara rinci menguraikan bagaimana kedua metode ini saling melengkapi untuk memastikan pemahaman yang utuh.
Lebih dari sekadar mendengarkan, metode pengajaran kitab kuning juga mendorong aktivitas mandiri. Santri didorong untuk melakukan mutala’ah (kajian mandiri) terhadap kitab-kitab yang telah diajarkan, seringkali berdiskusi (munadzarah) dengan sesama santri untuk memperdalam pemahaman dan mempertajam argumen. Proses ini menumbuhkan kemandirian intelektual, kemampuan berpikir kritis, dan keberanian berpendapat. Kehidupan berasrama yang disiplin juga merupakan bagian tak terpisahkan, menanamkan kesabaran, ketekunan, dan etos belajar yang tinggi. Seorang perwakilan dari Badan Nasional Penanggulangan Terorisme (BNPT) yang menghadiri acara peresmian perpustakaan pesantren di Jawa Barat pada 15 September 2025, mengapresiasi budaya literasi dan diskusi kritis yang terbangun di pesantren. Dengan demikian, metode pengajaran kitab kuning di pesantren terus menjadi fondasi utama dalam membentuk santri yang tidak hanya berilmu, tetapi juga memiliki pemahaman agama yang mendalam, kontekstual, dan relevan dengan zaman.